Pour la période de programmation 2007-2013, le programme SUDOE cofinancera des projets de coopération transnationale structurants, c'est-à-dire, des projets présentant une plus grande dimension transnationale et avec des réalisations et des résultats concrets ayant un grand impact sur l'ensemble du territoire. Par conséquent, cette nouvelle génération de projets ne peut pas être fondée uniquement sur le développement de connaissances et l'échange d'expériences entre les bénéficiaires. Les projets doivent aller plus loin afin de contribuer à la réalisation des objectifs établis dans le programme opérationnel SUDOE. Ils doivent assurer leur pérennité au-delà de la période de cofinancement et apporter des résultats tangibles qui contribuent à la cohésion territoriale européenne.

Tout cela signifie que l'on évitera de cofinancer des projets de nature exclusivement locale, et dont les résultats ne garantiront pas leur transfert à d'autres régions du SUDOE, en particulier celles qui ont un moindre niveau de développement. De la même façon, seront écartées les actions qui se centreront sur des éléments qui ne produisent pas de résultats visibles, dans le but de maximiser la valeur ajoutée communautaire et l'efficience du programme.

De plus, le comité de suivi a décidé que le processus de sélection des candidatures de projets du second appel à projets prendrait en considération les propositions qui présenteraient les caractéristiques suivantes :
- Les projets centrés sur des activités économiques de grande valeur ajoutée, représentatifs de l'identité du territoire, relevant de secteurs de grande valeur technologique et innovants ou apportant des solutions pour la reconversion des secteurs traditionnels ;

- Le développement de modèles et outils innovants offrant des solutions pratiques aux défis posés, et allant au-delà de la sensibilisation d'une problématique en particulier ;

- Les projets impliquant un véritable esprit de coopération transnationale et allant au-delà d'une série d'initiatives à caractère local ;

- Projets présentant un degré élevé de transférabilité, assurant la transférabilité et la capitalisation (mainstreaming) des études et plans d'action réalisés au regard du volume considérable de ressources qui leur est destiné dans les projets approuvés ;

- Projets de développement, de consolidation de secteurs émergents ou de ressources démontrant un avantage comparatif du territoire SUDOE, permettant la reconnaissance et la consolidation de la spécialisation de l'espace dans des secteurs productifs et environnementaux spécifiques et de grande valeur ajoutée ;

- Projets de prospective du territoire contribuant à la vertébration du territoire d'un point de vue environnemental et de valorisation du paysage, notamment pour les projets présentés dans la priorité 2 ;

- Projets prévoyant une partie d'investissement en infrastructures de petite envergure à caractère transnational ;

- Projets qui assurent une pérennité des résultats attendus ;